徐洲更 + 关注
生信媛公众号编辑、生信必修课之软件安装课程作者

徐洲更 发表了文章:

JBrowse使用说明:如何安装JBrowse

发布时间:2018-09-29 10:44:00 浏览:861 回帖 :0

JBrowse is a fast, scalable genome browser built completely with JavaScript...

nginx python 服务器 web 配置 index html

徐洲更 发表了文章:

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器

发布时间:2018-09-29 09:34:00 浏览:551 回帖 :0

但JBrowse要展示数据达到一定量级之后,如何方便管理这些track就成了一个问题,JBrowse支持三种track选择器: JBrowse/Vie...

Json 根目录 配置 metadata csv view

徐洲更 发表了文章:

Rosalind: DNA核苷酸计数和DNA翻译成RNA

发布时间:2018-09-27 22:24:00 浏览:425 回帖 :0

DNA核苷酸计数 问题描述: 给定一行核苷酸序列,长度最长为1000 nt, 返回其中'A', 'T', 'C', 'G'出现的次数 C代码如下: #i...

open fopen 序列 file

徐洲更 发表了文章:

【如何提问】以我最近的一次提问为例

发布时间:2018-09-21 12:44:00 浏览:526 回帖 :0

题图来源: https://pexels.com 只要开始学习,就会出现疑问。即便一个作者认为自己讲的多么具体,但是由于“知识的诅咒”存在,...

Image

徐洲更 发表了文章:

R-loop数据分析之R-ChIP(peak calling)

发布时间:2018-09-20 13:14:00 浏览:490 回帖 :0

Peak Calling 关于MACS2的使用方法, 我写了如何使用MACS进行peak calling详细地介绍了它的参数,在用MACS2之前尽量去阅...

LOG 数据分析 type

徐洲更 发表了文章:

R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化)

发布时间:2018-09-19 10:28:00 浏览:564 回帖 :0

样本间相关性评估 上一步得到各个样本的BAM文件之后,就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间,然后用统计每个区...

数据分析 脚本 read

徐洲更 发表了文章:

R-loop数据分析之R-ChIP(数据预处理)

发布时间:2018-09-18 20:25:00 浏览:614 回帖 :0

文件重命名 我们需要对下载的SRRXXXXX文件进行重命名,毕竟有意义的命名才能方便后续展示。那么,应该如何做呢? 首先,你需要将GSE97072页面的...

数据分析 脚本 index Bash

徐洲更 发表了文章:

R-loop数据分析之R-ChIP(环境准备)

发布时间:2018-09-17 14:33:00 浏览:505 回帖 :0

提高自己分析能力的一个好的方法就是重复别人文章里的分析策略,所以这里会尝试对第一篇介绍R-ChIP技术文章"R-ChIP Using Inactive ...

数据分析 脚本 索引 index

徐洲更 发表了文章:

PCA作图里面的箭头是干嘛用的?

发布时间:2018-09-16 15:29:00 浏览:724 回帖 :0

作图的目的是希望在图里面发现问题或者解释问题,当然更本质一点就是你想解决什么问题? 前几天做了一个PCA的图,图是画出来了,但是问题有很多,比如说主...

徐洲更 发表了文章:

我终于知道为啥"find /home -name .bashrc > list 2>list"是错误的啦

发布时间:2018-09-14 16:27:00 浏览:459 回帖 :0

在《鸟哥的Linux私房菜》第三版的329-330,鸟哥介绍了数据流的重定向,里面提到一点,如何你想把正确与错误数据都写到一个文件中,这个时候用下面第一...

linux 数据流 脚本 test list Bash

徐洲更 发表了文章:

使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练)

发布时间:2018-09-10 10:41:00 浏览:713 回帖 :0

训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言,你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST...

序列

徐洲更 发表了文章:

集群任务管理系统SGE的简明教程

发布时间:2018-09-09 19:32:00 浏览:898 回帖 :0

我用的一个服务器上装了一个集群管理工具(SGE, Sun Grid Engine), 用于从登陆节点上向计算节点进行任务投递。一开始,不太会用,但是经过...

集群 脚本 index Bash

徐洲更 发表了文章:

如何对基因组序列进行注释

发布时间:2018-09-06 22:48:00 浏览:1526 回帖 :0

基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de nov...

数据库 序列 wget

徐洲更 发表了文章:

使用MAKER进行基因注释(基础入门)

发布时间:2018-09-06 13:42:00 浏览:661 回帖 :0

maker 在基因组注释上,MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列,将EST和蛋白序列比对到基因组,进行从头预测,并在最后整合...

LOG 配置 序列 并行计算

徐洲更 发表了文章:

如何解决matplotlib运行出现的Invalid DISPLAY variable

发布时间:2018-09-04 11:42:00 浏览:666 回帖 :0

最近在服务器上运行matplotlib相关的脚本时遇到了"Invalid DISPLAY variable"报错,从报错中就可以知道这是因为没有显示设备...

服务器 解决方案 脚本

徐洲更 发表了文章:

从PATH说起的shell命令行替换

发布时间:2018-09-03 22:08:00 浏览:435 回帖 :0

许久之前,师弟问了我一个问题,为什么shell中添加环境变量的写法是下面这种方式 PATH=~/.lib:$PATH; export PATH 而下面...

shell path html

徐洲更 发表了文章:

这下简书上的markdown完整了

发布时间:2018-09-03 21:02:00 浏览:487 回帖 :0

最近用简书的markdown写作时,偶尔发现简书又支持几个markdown扩展语法。 第一个是上标, 实现方法是用两个^包围需要上标的字符,如hopto...

markdown

徐洲更 发表了文章:

【Python标准库:fileinput】优雅的读取文件

发布时间:2018-08-31 12:39:00 浏览:442 回帖 :0

每当我写个脚本涉及文件输入时,一般写法都是下面这种 import sys file_in = sys.argv[1] for line in ope...

python 脚本 open input

徐洲更 发表了文章:

【R数据科学读书笔记】R语言的数据结构原来可以这样理解

发布时间:2018-08-28 22:45:00 浏览:451 回帖 :0

R语言的数据结构原来可以这样理解 这是R数据科学的读书笔记之一,《R数据科学》是一本教你如何用R语言进行数据分析的书。即便我使用R语言快2年多了,但是...

函数 面向对象编程 数据结构 数据类型 数组

徐洲更 发表了文章:

使用Mikado进行基因结构注释

发布时间:2018-08-28 14:34:00 浏览:552 回帖 :0

Mikado是基于Python3写的基因组结构注释工具,它主要做的是从多个转录组组装工具得到的转录本里挑选出最好的结果作为基因组的结构注释。此外,它还会...

配置 ftp class wget

3
生信媛公众号编辑、生信必修课之软件安装课程作者

感兴趣or擅长的领域:

更多>
更多>
1221951722276675
1221951722276675
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0
1467229598240966
1467229598240966
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0
游客fid32r3ujx7tk
游客fid32r3ujx7tk
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0
游客sav3nrtjrgoaq
游客sav3nrtjrgoaq
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0
游客vapm7zyh4yu3c
游客vapm7zyh4yu3c
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0
wangprince2017
wangprince2017
文章:0丨 粉丝:0丨 话题:0