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生信媛公众号编辑、生信必修课之软件安装课程作者

徐洲更 发表了文章:

使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练)

发布时间:2018-09-10 10:41:00 浏览:770 回帖 :0

训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言,你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利用EST...

序列

徐洲更 发表了文章:

集群任务管理系统SGE的简明教程

发布时间:2018-09-09 19:32:00 浏览:967 回帖 :0

我用的一个服务器上装了一个集群管理工具(SGE, Sun Grid Engine), 用于从登陆节点上向计算节点进行任务投递。一开始,不太会用,但是经过...

集群 脚本 index Bash

徐洲更 发表了文章:

如何对基因组序列进行注释

发布时间:2018-09-06 22:48:00 浏览:1765 回帖 :0

基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de nov...

数据库 序列 wget

徐洲更 发表了文章:

使用MAKER进行基因注释(基础入门)

发布时间:2018-09-06 13:42:00 浏览:711 回帖 :0

maker 在基因组注释上,MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列,将EST和蛋白序列比对到基因组,进行从头预测,并在最后整合...

LOG 配置 序列 并行计算

徐洲更 发表了文章:

如何解决matplotlib运行出现的Invalid DISPLAY variable

发布时间:2018-09-04 11:42:00 浏览:699 回帖 :0

最近在服务器上运行matplotlib相关的脚本时遇到了"Invalid DISPLAY variable"报错,从报错中就可以知道这是因为没有显示设备...

服务器 解决方案 脚本

徐洲更 发表了文章:

从PATH说起的shell命令行替换

发布时间:2018-09-03 22:08:00 浏览:453 回帖 :0

许久之前,师弟问了我一个问题,为什么shell中添加环境变量的写法是下面这种方式 PATH=~/.lib:$PATH; export PATH 而下面...

shell path html

徐洲更 发表了文章:

这下简书上的markdown完整了

发布时间:2018-09-03 21:02:00 浏览:510 回帖 :0

最近用简书的markdown写作时,偶尔发现简书又支持几个markdown扩展语法。 第一个是上标, 实现方法是用两个^包围需要上标的字符,如hopto...

markdown

徐洲更 发表了文章:

【Python标准库:fileinput】优雅的读取文件

发布时间:2018-08-31 12:39:00 浏览:464 回帖 :0

每当我写个脚本涉及文件输入时,一般写法都是下面这种 import sys file_in = sys.argv[1] for line in ope...

python 脚本 open input

徐洲更 发表了文章:

【R数据科学读书笔记】R语言的数据结构原来可以这样理解

发布时间:2018-08-28 22:45:00 浏览:474 回帖 :0

R语言的数据结构原来可以这样理解 这是R数据科学的读书笔记之一,《R数据科学》是一本教你如何用R语言进行数据分析的书。即便我使用R语言快2年多了,但是...

函数 面向对象编程 数据结构 数据类型 数组

徐洲更 发表了文章:

使用Mikado进行基因结构注释

发布时间:2018-08-28 14:34:00 浏览:592 回帖 :0

Mikado是基于Python3写的基因组结构注释工具,它主要做的是从多个转录组组装工具得到的转录本里挑选出最好的结果作为基因组的结构注释。此外,它还会...

配置 ftp class wget

徐洲更 发表了文章:

不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包

发布时间:2018-08-27 20:40:00 浏览:458 回帖 :0

Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息,能够根据基因ID对其进行多种来源的注释,比如说基因的别名,基因的功能等。 ...

脚本

徐洲更 发表了文章:

【R数据科学读书笔记】R语言中的管道操作

发布时间:2018-08-26 22:01:00 浏览:507 回帖 :0

R语言中的管道操作 这是R数据科学的读书笔记之一,《R数据科学》是一本教你如何用R语言进行数据分析的书。即便我使用R语言快2年多了,但是读这本书还是受...

函数

徐洲更 发表了文章:

初步组装的杂合基因组如何去冗余

发布时间:2018-08-24 22:34:00 浏览:992 回帖 :0

redundans的目标是辅助杂合基因组的组装,输入文件可以是组装的contig,测序文库以及额外的参考基因组,最后用于搭建出scaffold级别的纯合...

LOG git 序列 test makefile github

徐洲更 发表了文章:

如何使用GMAP/GSNAP进行转录组序列比对

发布时间:2018-08-24 12:15:00 浏览:949 回帖 :0

GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上,可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代,又开发了GSNAP支持高通量数据比对,这篇文章主要...

线程 数据库 索引 序列

徐洲更 发表了文章:

R语言中GCC编译的问题(续)

发布时间:2018-08-20 13:53:00 浏览:480 回帖 :0

这篇文章承接R语言中GCC编译的问题,这篇文章主要解决我在Linux系统上安装"expm"出现的问题。 出现的问题 这个问题非常的有趣,因为...

linux string gcc

徐洲更 发表了文章:

DRAGEN: 硬件和软件共同加速的变异检测工具

发布时间:2018-08-16 13:28:00 浏览:843 回帖 :0

DRAGEN 这是一篇工具介绍贴,考虑这个工具是要钱的,那些动不动就说别人忘了初心的用户肯定认为我写的是软文,所以这些人就不要继续往下看了...

算法 服务器 测试 索引 prefix mapping

徐洲更 发表了文章:

LAI: 评估基因组质量一个标准

发布时间:2018-08-15 21:44:00 浏览:561 回帖 :0

基因组组装完成之后,就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中,每个contig都能足够的长,能够有一个完整的基因结构,归纳一下就是3...

git 序列 index

徐洲更 发表了文章:

学习从来都不是一件容易的事

发布时间:2018-08-12 22:00:00 浏览:426 回帖 :0

不知不觉间,我给别人上了好多次课程,有些是线上课程,有些是线下课程,有些是收费的,有些是免费的,如果有什么感悟要说,那就是“学习从来都不是一件容易的事。...

徐洲更 发表了文章:

三年后,我又来到了北京

发布时间:2018-07-27 10:39:00 浏览:483 回帖 :1

我再次来到了北京,距离上次,时间已过去3年 三年前的那个暑假,机缘巧合,我去参加北京植物所开的光合夏令营。当时来回只能报销火车的硬座票,所以我硬生生从发...

服务器 培训

徐洲更 发表了文章:

一文了解Perl语言

发布时间:2018-07-24 16:13:00 浏览:477 回帖 :0

我在公众号发过很多编程语言的学习笔记,但是一直没有发Perl语言的编程教程。我大学的时候,学过一段时间的Perl语言,所以和Perl也有点缘分。这次去北...

编程语言 函数 正则表达式 脚本 编程 数据结构 数据类型 perl 数组

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