netstat -na time_wait过多

现在一个服务器上有三个应用在用mysql 有一个是用的长连接，以前还好好的可是今天遇到，有时web端间歇性的连接不上mysql 报99错误。后来查mysql的连接数 show proce..这个看到就50多的连接，我最大设置了2048那么大，可是web有时就是连接不上。
后来看到 tcp 3306的大概有2w多接近3w的time_wait 就搞不懂了，明明活动连接就50多可是为啥time_wait会有那么多呢，网上搜了 改 linux的啥tcp设置忘了 可是现在不敢改 改了web慢的要命
后来怀疑是mysql 连接了没有close 就写了个测试 简单的 连接数据库 然后 close 掉 可是用命令一查 time_wait还在要过很长时间才消失，然后又改 mysql配置 改 wait_timeout 还是啥又忘了 改成1秒 还是那样过一段时间 time_wait才消失
求解为什么web有时连接不上mysql 还有就是time_wait到底干什么用的？是等待连接mysql的线程吗?为啥会3306的有那么大？