阿里云基因计算服务使用最佳实践 - 通过Remote API实现基因数据处理

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阿里云基因计算服务使用最佳实践 - 通过Remote API实现基因数据处理

阚俊宝 2020-01-19 15:37:33 浏览5156
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AGS Remote API介绍:

阿里云基因计算服务(AGS)是一个依托于云计算平台,使用容器、工作流等云原生技术,针对生信行业基因数据处理的整体解决方案。您可以不用关心基因数据处理过程中的计算资源、处理逻辑、数据缓存等细节,只需要将您的源数据(Fastq文件)地址提供给ags,ags既可高效、快速完成整个数据分析流程,并将结果数据上传到您期望的存储空间。

AGS目前支持通用的生信流程包括:

wgs流程:支持GATK标准流程进行全基因组测序,支持GPU加速;
Mapping:支持输出包含MarkUp和不包含MarkUp的Bam数据;

AGS提供用户命令行工具,通过命令行可以实现远程提交任务。根据您的数据处理需求,通过定义具体参数指定Fastq数据源,和处理逻辑。AGS Remote API目前主要基于阿里云公共云服务,推荐的数据提供方式为

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