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云数据库 ApsaraDB 产品总览

云数据库ApsaraDB是稳定可靠、可弹性伸缩的在线数据库服务产品总称。可轻运维全球90%以上主流开源及商业数据库(MySQL、SQL Server、Redis等),同时提供拥有6倍以上开源数据库性能、开源数据库价格的POLARDB和百TB级数据实时计算能力的HybridDB自研数据库等,更拥有容灾、备份、恢复、监控、迁移等方面的全套解决方案。

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基因功能注释

基因功能的注释依赖于上一步的基因结构预测,根据预测结果从基因组上提取翻译后的 蛋白序列 和主流的数据库进行比对,完成功能注释。常用数据库一共有以几种: Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DN

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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程

eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因,常见的方法就是BLAST+BLAST2GO, 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠,毕

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如何对基因组序列进行注释

基因组组装完成后,或者是完成了草图,就不可避免遇到一个问题,需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型,有三种策略: 从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(

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用Bioconductor对基因组注释

这一次,我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释。 就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可能的突变位点,我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变,这些突变基因有哪些功能?

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一个用interproscan做基因注释的简易教程

官网地址: http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址: https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接:

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如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据 我最早接触的高通量数据就是RNA-seq,后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据,因此我从来没有分析过一次芯片数据,而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之R语言流程遇到了问题问我请教,为了解决这

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每日文献:2018-01-09

PIVOT:转录组数据整合分析和可视化平台 原标题:platform for interactive analysis and visualization of transcriptomics data 原文地址: https://bmcbioinforma

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Unsupervised clustering reveals new prostate cancer subtypes

摘要 背景:前列腺癌是男性中第二常见的癌症。发展基于基因的分类方法是迫切的要求。我们的目标是建立基因分型。 方法:我们使用了四个前列腺癌数据集。癌症基因组图谱(TCGA)RNA-Seq数据用于训练分类器。基于分类器的三个亚型被测试是否具有临床数据存在显着差异

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